根据中国营养学会婴幼儿膳食指南，建议母乳喂养的婴儿出生后一个月起，每日口服400~800国际单位的维生素D，直到断奶或加辅食后，最迟到两岁止。对于人工喂养的婴儿，每100毫升奶中应添加5~10微克的维生素D。
如果您的宝宝已经三个月了，根据营养学的建议，可以每天口服400国际单位的维生素D，这个剂量是比较安全和合理的。通常维生素D不建议超量摄入，每日最大耐受量为2000国际单位。因此，一个三个月大的宝宝最多只能服用5粒含400国际单位维生素D的药片，而您提到的两粒，与建议的剂量相符合。
需要注意的是，每个宝宝的体质和情况都不同，服用维生素D之前最好咨询儿科医生或营养师，以便根据宝宝情况定制个性化的剂量。此外，维生素D的剂量和服用方式也需要按照产品说明书进行，不要随便改变剂量和服用方式，以免影响宝宝的健康。
