三个月宝宝吃维生素D出现拉肚子的主要原因可能是过量摄入维生素D所导致的，另外可能也跟宝宝本身肠胃的适应性不良有关系。
首先，我们需要知道维生素D的作用和摄入量。维生素D是人体必需的一种维生素，它能够促进钙的吸收和利用，有助于维持骨骼的健康和正常的免疫功能等。对于三个月大的宝宝而言，适当的维生素D摄入量约为每天400IU。
然而，如果宝宝过量摄入维生素D，就会出现中毒症状，其中包括腹泻。因此，当宝宝开始服用维生素D时，应该按照医生的建议和药品说明书的规定给予适当的剂量，不可超量使用，以免出现负面反应。
此外，宝宝的肠胃系统还是比较脆弱和娇嫩的，可能难以适应维生素D补充剂带来的变化，导致拉肚子等不良反应。如果宝宝出现此类症状，建议减少维生素D的剂量，或者终止使用一段时间，等到宝宝消化功能逐渐成熟后再考虑重启。
总之，当宝宝出现吃维生素D拉肚子等不良反应时，应该注意减量或中止使用，同时向医生咨询针对宝宝的适当剂量和用药方法。希望宝宝能早日康复，健康地成长。
