在孕期的第36周，胎儿的器官已经基本发育完成，并且大部分器官已经成熟，所以这个时候是可以进行胎儿畸形检查的。然而，需要注意的是，对于一些畸形，比如先天性心脏病，可能需要更早的时候就进行检查。
一般来说，医生会在孕期早期进行B超检查，以确定胎儿的发育情况和是否有畸形。如果在早期的检查中未发现问题，那么在孕期晚期进行一次B超检查可以再次确认胎儿的发育情况。
此外，还有一些特殊的胎儿畸形检查，例如羊水穿刺和绒毛膜活检等。这些检查能够对胎儿进行更详细的检查，发现更微小的畸形。
但是，需要注意的是，这些检查都具有一定的风险，比如可能会引起感染或伤害胎儿等。因此，在进行这些检查之前，医生会对风险进行评估，并根据情况决定是否需要进行检查。
总的来说，在孕期晚期进行胎儿畸形检查是比较安全和可行的。如果有任何疑虑或不安，建议咨询专业的医生或妇产科医师获取建议和建议。同时，也可以通过健康的生活方式来促进胎儿的健康发育，例如合理的饮食和适当的运动。
