1. 遗传因素：胎儿畸形的最大原因是遗传。父母或家族中可能存在畸形或遗传疾病，例如唐氏综合症、先天性心脏病等。如果父母之一或双方携带某个基因突变，则其子代也可能患上类似的疾病。
2. 染色体异常：染色体异常是胚胎在发育过程中发生变异的一个可能原因。例如，一个正常的胚胎可能会长成拥有三条21号染色体的胚芽，这就成了唐氏综合症。染色体异常还可能导致生殖细胞受到伤害，在胚胎发育期间，甚至在出生后感染等情况下会影响胎儿发育。
3. 环境暴露：母体在胎儿发育前受到毒物、辐射、病毒等外部因素的影响，将产生一种消极影响，导致孩子发生各种问题，例如脑部和心脏异常、不正常的四肢生长和输尿管狭窄等。母亲在怀孕期间宜远离电器，不吸烟和不酗酒。
4. 药物和减肥药：某些药物和减肥药也可能危害到未出生的胚胎，即使是绿色保健品也不能完全保证安全。母亲如果要服用任何药物，应在专业医生的指导下进行，并确保这些药品不会影响胎儿的健康。
5. 饮食营养：孕妇营养不良是胎儿身体畸形的另一个原因。母亲饮食健康或营养不良可能会导致孩子的疾病和身体畸形。据研究表明，缺乏叶酸、维生素B6和其他重要的营养素，孩子容易出现神经管缺陷和其它问题。
6. 年龄和孕次：母亲怀孕的年龄和孕次也是一个因素。年龄大的孕妇容易出现胎儿畸形的风险。如果女性年龄超过35岁，她的卵子就很可能已从卵巢中释放出来了，而受精的卵子将会有较大的风险出现染色体异常，从而增加胎儿畸形的风险。在多胎妊娠的情况下，孩子的出生缺陷可能会更高。
