由于胎儿畸形引产是一个非常私人和敏感的问题，因此，统计数据可能存在一定的误差。然而，研究表明，胎儿畸形引产的发生率相当高。
据世界卫生组织的统计数据显示，全球每年有大约870万胎儿出生时有一些程度的畸形，这占所有出生的2-3％。此外，据美国国立卫生研究院的研究发现，在所有的妊娠中，有1％-5％的胚胎在怀孕前八周出现重大发育缺陷，而许多情况下这个缺陷只会在怀孕后期才会被发现。
在中国，根据国家统计局发布的数据，自2020年1月1日起，国内不再公布每年的流产、宫内孕、人工流产等数据。但根据公开的医学研究来看，胎儿畸形引产在中国的发生率也比较高。例如，在一项2017年的研究中，研究人员对11家北京的妇产科医院的数据进行了分析，发现引产总数中，胎儿畸形是其中的主要原因之一，占比为23.5％，在女性中的占比更高达32.3％。此外，从2013年到2018年，浙江省孕早期筛查症状胎儿畸形筛查项目中，胎儿畸形的检出率在各地区之间相差很大，但总体来看，在每1000例孕妇中，胎儿畸形的检出率在30例左右。
一些胎儿畸形可能对胎儿生存和健康造成严重的威胁，尤其是那些影响内脏器官和神经系统的疾病。在这种情况下，胎儿畸形引产通常是唯一的选择。虽然这样的决定对父母来说是极其困难和痛苦的，但它可以防止出生缺陷婴儿的出现，并潜在地挽救了其他家庭成员的生命。
