胎儿畸形的原因很复杂，可能是遗传因素、营养缺乏、环境污染、感染等多种因素引起的结果。胎儿畸形的发生时间与其类型密切相关。对于三个月时的胎儿来说，其发生畸形的风险还比较低，但不排除特殊情况。
一般来说，胎儿在受孕后进行着快速发育，早期发育异常容易导致胎儿畸形。在受孕后的头三个月，胎儿的大部分器官和组织都开始形成和发育，这个时期被称作胚胎期。在这个时期，母体的营养状况、药物的使用、患病情况、环境因素等都可能对胎儿造成不良影响，导致畸形的发生。
在三个月左右，胚胎逐渐进入胎儿期，此时胎儿的器官已经形成，不再像胚胎期那样易受损伤。这个时期胎儿发生畸形的风险相对于胚胎期就要低很多。
但是，即便在胎儿期，仍然有某些类型的畸形可能会出现，例如唇裂、腭裂等，这些都需要引起妊娠妇女的高度关注。
因此，如果在妊娠前期，孕妇认真规避各种引起畸形的因素，保持健康的生活环境和饮食习惯，定期产检并做好妇产科医生指导等，坚决预防和及时治疗本应可以避免的因素造成的畸形风险，还是很大的。这不仅对孕妇本身的身体健康有益，对未出生的胎儿也尤为重要。
