畸形胎儿是指在胎儿发育的过程中出现了异常，可能是染色体异常、器官发育障碍等原因导致的。这种情况下，胎儿往往会在母体中发育受阻，因此需要进行流产手术。但是，有些畸形胎儿虽然存在缺陷，但并不会影响胎儿在母体内发育，因此并不需要进行流产手术。
针对题目中的问题，畸形胎儿在母体中是否会自己流掉，答案是可能会。这是因为在出现胎儿畸形的情况下，胎儿自身很难保证健康成长，有时候可能会自然流产。这种情况通常是由于胎儿出现了过度畸形或者胎儿在发育的过程中出现了严重的问题，导致胎儿无法在母体内生存下去。
然而，也有很多畸形胎儿并不会自然流产。这种情况下，母体中的孕囊和胎盘仍然能够为胎儿提供足够的养分和氧气，让胎儿在母体中继续发育。在这种情况下，需要通过医学手段进行流产，以避免胎儿带来更大的伤害。
总之，畸形胎儿可能会自然流产，但并不是所有的畸形胎儿都会自己流掉。如果某个孕妇发现自己怀孕的胎儿存在畸形，应该尽快到医院就医，接受专业医生的检查和诊断，以便采取正确的治疗措施。
