在怀孕的早期阶段，胎儿的器官正在迅速发育，这种时期称为胚胎期。在这个时期，母体受到各种因素的影响，胎儿发育异常的可能性较高。而到了胚胎期结束后，胎儿进入了胎儿期，此时胎儿的器官已经发育完毕，但仍然需要继续发育成熟。在这个时期内，胎儿受到的影响相对较小，但也不能完全排除。
如果在怀孕的早期阶段，母体接触了某些有害物质，如酒精、药物、化学品等，这些会对胎儿造成不利影响，导致胎儿畸形的可能性较大。但如果在胚胎期结束后，母体遵守了健康的生活方式，胎儿畸形的风险就会大大降低。因此，如果母亲注意了营养、生活、运动和休息等方面，胎儿发育得很好，那么怀孕三个月后胎儿畸形的概率就很小了。
但是即使母亲非常注意，而且没有接触有害物质，仍然不能完全排除胎儿畸形的可能性。有一些疾病或遗传基因异常，可能会导致胎儿发育异常。这种情况下，胎儿畸形的风险仍然存在，但发生的可能性相对较小。
因此，怀孕三个月后胎儿畸形的风险并不高，前提是母亲在怀孕期间注意健康生活方式，并进行定期产检。如果发现了胎儿畸形，医生会根据具体情况给予适当的治疗和护理，以保证胎儿健康成长。
