胎儿发生畸形的时间有很多因素影响，其中包括基因和环境等。早期发生的畸形多数由基因或内在因素引起，后期发生的畸形则与环境有较大关系。
在妊娠前3个月内，胚胎器官系统基本发育完成，此时若受到某些内外因素的干扰，将会引发发育问题。例如，母亲在妊娠早期有感染、药物、辐射等不良因素，就会导致胎儿出现不同程度的畸形。
一些常见的畸形如心脏先天性缺陷、唇腭裂、脊柱裂等，多数在妊娠第1至8周内发生，属于早孕期畸形。此时，母体内部环境的改变可能会引起胚胎干细胞的异常分裂，影响器官的正常发育。此外，如果父母的某些基因不正常，也可能会导致胎儿畸形。
除了早孕期，妊娠后期也有可能发生畸形。例如，因为母亲妊娠后期患上了妊娠高血压综合症，导致胎儿先天性高血压；或者因为母亲妊娠后期贫血严重，导致胎儿出生时就有低血红蛋白症等。
总体来说，胎儿发生畸形的时间与胚胎和胎儿器官发育的时间相关。若是输卵管或卵巢有问题，可能在受孕后初始发育就有问题。如果是染色体异常，可能导致胚胎自然流产，甚至在受孕后数周内就流失。对于感染、药物、辐射等突发事件，母亲需要适当预防，保证妊娠期的健康。营养均衡，保持身体健康，便是非常重要的。
