胎儿在经过三个月的发育后，大多已经形成了人体各个器官系统，但仍有可能出现些许畸形。其主要原因在于，胚胎在这个时期进行着快速发育，每个器官系统的形态和结构都有可能存在某些不足之处，从而导致各种畸形。
其中，最常见的畸形包括唇腭裂、心脏缺陷、神经管缺陷、骨骼畸形等。唇腭裂是胚胎口腔及鼻腔结构发育不完善，导致唇裂或者齿槽裂等畸形；心脏缺陷主要由于胚胎心脏发育过程中出现问题导致；神经管缺陷则是胚胎神经系统发育不完善，导致脊柱裂或脑神经分裂畸形。
此外，遗传因素、母体患有糖代谢异常等因素也会增加胎儿畸形的风险。但值得注意的是，畸形并非每个孕妇都会遇到的问题。多数孕妇在孕期重视健康、科学生活，遵守医生的建议，胎儿畸形的发生率会大大降低。
因此，面对胎儿三个月期的发育，妈妈们可以通过科学饮食、规律运动、保持良好心态等方法来降低胎儿畸形的发生率。如孕妇应多吃新鲜蔬菜、水果等富含维生素、矿物质的食物，避免甲醛、铅等环境污染物的摄入，增强身体免疫力和健康素质，从而更好地保护胎儿健康发育。需要指出的是，针对胎儿畸形还需注意医生的建议，并及时进行相关检查以排除不同的潜在风险。
