检查胎儿畸形的主要方法有以下几种：
1. 超声检查：是一种经济、无创、无痛的检查方法，通常在怀孕的不同阶段进行，可以检查出胎儿的器官结构和发育状况，如心脏、肺、头颅、四肢等，还可以测量胎儿的体重和其他参数。此外，美国国家医学图书馆建议孕妇在孕期20周进行动态胎儿超声检查，以便排除胎儿畸形。
2. 羊水穿刺：是一种通过穿刺胎儿羊水获取胎儿DNA进行检测的方法，可对一些遗传性胎儿畸形进行诊断，如唐氏综合征、爱德华氏综合征等。但是，由于羊水穿刺有较高的流产率和孕妇感染风险，因此建议仅在有严重胎儿畸形的家族史或高风险指标的情况下进行。
3. 无创性产前基因检测：是一种利用母体血液中胎儿自由DNA进行检测的方法，可以检测出胎儿染色体异常及其他常见的单基因病，例如地中海贫血、血友病等。由于这种方法无需穿刺，风险低，因此已经成为产前诊断的临床主流。
4. 胎儿心肺听诊：是一种简单、安全、无创的胎儿畸形筛查方法。胎儿心肺听诊可以检查胎儿的心脏和呼吸系统的发育情况，并可发现一些明显的胎儿畸形，如先天性心脏病、膈疝等。
总的来说，孕妇在孕期进行胎儿畸形筛查是非常必要的。针对孕妇的不同情况和需要，医生可以通过多种手段进行检查，以确保胎儿的健康。
