孕囊低指的是孕囊的位置较低，不能如期发育或是妊娠过程中易受到某些因素的影响而导致的。但孕囊低并不一定意味着胎儿畸形，因为孕囊低可能是由于多种原因引起的。
孕囊低的原因很多，常见的有以下几种情况：
1.子宫形态异常：比如子宫鸟嘴畸形、双子宫或子宫内膜异位等。
2.子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种良性肿瘤，可以影响子宫的大小和形态，从而影响孕囊的位置。
3.子宫输卵管病变：如输卵管积水等导致孕囊附着位置异常。
4.内分泌失调：如甲状腺功能亢进、PCOS综合症等。
5.慢性病：如糖尿病、高血压等。
孕囊低是否导致胎儿畸形要根据孕囊低的原因来判断。如果孕囊低是由于子宫形态异常、子宫肌瘤等原因导致，那么孕囊低本身并不会对胎儿造成影响，只要孕囊在子宫内稳定生长，就不会出现胚胎发育迟缓等情况。但是如果孕囊低是由于子宫输卵管病变等原因导致，孕囊附着位置异常会导致胚胎在营养供应不足的情况下发育缓慢，这时候就有可能导致胎儿畸形的发生。
另外，如果孕囊低出现在早孕阶段，有可能导致流产的发生。如果孕囊低导致胎儿畸形，一般情况下医生会对孕妇进行彻底的评估，以便及时处理，保护母婴的安全。
总之，孕囊低并不一定会导致胎儿畸形，但孕妇应该及时就医，根据具体情况采取相应的治疗措施，以保证母婴的健康。
