三个月胎儿大脑畸形严重程度取决于具体的病变类型、病变程度以及病变位置。在胚胎发育过程中，大脑一旦发生异常，存在引起神经发育障碍、生长发育异常等问题。以下是三个月胎儿大脑畸形可能的病变类型和严重程度：
1. 神经管缺陷：神经管发育障碍可能导致脊柱裂、无脑症、脑积水等病变。这些病变可能会影响大脑的正常发育，引起智力发育低下，危及生命。
2. 中枢神经系统异常：中枢神经系统畸形、锥体外系异常等病变也可能导致大脑发育障碍，严重者可能导致癫痫、肌张力异常、运动障碍等。
3. 头颅畸形：头颅畸形如无颅脑畸形、头颅骨骨折等也可能导致严重的大脑发育障碍，甚至危及生命。
需要注意的是，三个月胎儿大脑畸形的严重程度与胎儿的胚胎发育阶段、胚胎成长环境等都有关系。若在早期发现，及时进行治疗可能会降低病变的严重程度。因此，孕妇应该注意保持身体健康，合理饮食、适度运动以及定期检查，及时发现胎儿异常，采取措施进行干预。同时，建议孕妇尽早进行孕前检查、孕期检查，特别是孕早期的唐氏筛查、NT检查等，及时发现胎儿畸形风险，进行化验检查、B超等检查，为胎儿及妈妈的健康提供保障。
