胎儿的脑畸形是因为脑神经管发育不全或畸形所引起的，而脑神经管是在孕早期形成的，因此脑畸形的发生通常发生在怀孕早期。胎儿在过程中需要得到充足的营养和氧气，但如果在怀孕前期母亲生活习惯不好，比如吸烟、酗酒、吃药物过多等，都可能影响胎儿的正常发育，并引起脑泡的畸形。
此外，胎儿在发育过程中可能会受到外部环境因素的影响，比如受到辐射污染、感染病毒等都可能导致胎儿出现脑畸形。同时，胎儿的基因也是脑畸形形成的原因之一，一些先天性遗传疾病也会导致胎儿脑畸形。
若胎儿经历缺氧或是产前损伤，也会导致脑畸形的发生，例如产道助产时所遭受的脑损伤，都有可能造成脑裂畸形、颅骨畸形等影响智能活动的问题。
包括遗传因素、外部环境、母体生活习惯、产前损伤等多种原因，都会导致胎儿脑畸形的发生。因此，准妈妈们在怀孕前期就要注意，尽量不要有不良的生活习惯并去预防和避免遭受外部的环境污染，以保证胎儿的正常发育。
