三个月胎儿能查出畸形了。一般来说，孕妇怀孕12周左右可进行常规产前筛查或者无创产前检测，从而发现胎儿是否存在染色体异常和某些出生缺陷的风险。其中，常规产前筛查包括血液检测和超声检查，而无创产前检测则通过采集孕妇外周血中的胎儿DNA，进行基因检测。
在12周左右的检查过程中，医生主要关注的是下颌骨、腰椎、上肢和下肢的长短、脊柱、心脏、头部、颈部、腹部内脏等器官是否正常，以及胎儿的发育情况是否与预计相符。如果发现胎儿存在某些畸形，则需要进一步的检查，并在医生的建议下进行必要的治疗。
对于孕妇来说，进行产前筛查或者无创产前检测是必要的，因为这有助于发现胎儿存在某些风险或者疾病的可能性。如果疾病或者风险查出来，家长们就会有足够的时间进行准备和规划，从而为胎儿未来的健康提供更好的保障。
值得一提的是，检查结果并不一定完全准确，因此，如果产前筛查或者无创产前检测结果发现可能有畸形风险时，可以进行更进一步的检查，如羊膜穿刺等，以确诊是否存在疾病或畸形等问题。最重要的是，孕妇应积极保持健康的生活方式，避免影响胎儿正常发育。
