据研究，孕妇长期的日夜颠倒可能会对胎儿造成一定的影响，但具体是否会导致胎儿畸形还需根据具体情况来定。
首先，孕妇长期的日夜颠倒会导致睡眠不足，影响孕妇的身体健康，使得孕期疲劳、压力增大、免疫力下降，从而影响胎儿的健康发育。另外，长期的睡眠不规律可能会影响孕妇的内分泌，使得孕激素分泌失调，从而影响胎儿的胎盘、羊水以及器官的发育。
但是，由于胎儿的质量和发育主要取决于孕早期，孕妇长期的日夜颠倒对胎儿的影响相对较小。另外，大多数情况下，胎儿的畸形主要是由于孕妇在孕早期接触了有害物质、某些疾病或病毒，或者由于遗传因素引起的，与孕妇的生活方式和作息时间关系较小。
因此，孕妇应尽量保持规律的生活方式，养成良好的作息习惯，减少暴饮暴食，避免接触有害物质，并严格注意医护人员的建议，以保证胎儿的健康发育。如果孕妇确实需要在特殊情况下进行夜班或加班，应尽可能保证充足的睡眠时间，同时进行适当的身体锻炼，以维持自己和胎儿的健康。
