Y代表着男性。在人类体内，每个性细胞都包含23对染色体，其中22对称为自动体染色体（Autosomes），第23对则是性染色体（Sex Chromosomes），男性为XY，女性为XX。在胚胎发育的早期，性别由父母双方所提供的精子和卵子中的性染色体决定。如果卵子和精子都带有X染色体，那么胎儿就会是女性；如果卵子和精子中有一个携带X染色体，而另一个携带着Y染色体，则胎儿就是男性。
Y染色体还能被应用于基因检测。在许多情况下，Y染色体是具有高度特异性的基因座。这意味着，Y染色体不像其他染色体那样有许多重叠区域，因此它们有更高的识别度和区分度。由于Y染色体对于男性有且仅有一个，因此它们通常用于检测国家安全或刑事调查案件中的男性身份。在类似于家庭谱系分析等科学实践中，基于Y染色体比对的分析和计算也十分重要。
此外，Y染色体还被广泛用于研究人类人口遗传变异的脉络图。由于Y染色体是在父系传递给儿子的，因此，该染色体上的变异可以追溯至几千年前的人类祖先。这样的研究被称为Y染色体DNA研究，常常可以用来确定人类的派别、族群和谱系。这种方法被广泛应用于历史、人类学、人口学等领域的研究。在疾病诊断、识别人员身份和犯罪调查等各个方面被使用。
