根据中国的《计划生育法》规定，孕妇在怀孕期间遇到以下情况之一可以合法终止妊娠：危及孕妇生命、严重影响孕妇身体健康、患有遗传性和染色体异常等不良结果的胚胎和胎儿。这意味着如果孕妇在怀孕6个月时发现胎儿有严重的畸形，她是可以依法进行人工流产的。
但是，建议孕妇在做出流产决定之前，应该尽可能进行多次咨询，并听从医生的专业意见和诊断。对于胎儿的畸形，各种情况也不尽相同，一些畸形可以使孩子出生后能够正常生活，但会对孩子的健康带来影响，而另一些畸形可能会影响孩子的生命和身体健康。
如果孕妇和家属坚决要终止妊娠，应选择合法的医疗机构进行操作。在操作过程中，一定要注意医生的专业操作，避免手术过程中的风险和并发症。
总之，对于6个月胎儿畸形的人工流产，需要在咨询医生的建议和孕妇和家属的意愿基础上进行。孕妇要坚强，积极的面对流产，同时尽可能保护好自己的身体和心理健康。
