胎儿生殖系统畸形不一定都是遗传的，其发生原因有多种，包括遗传因素、外界环境因素和某些疾病因素或药物因素等。
遗传因素是引起生殖系统畸形的一种重要原因。在染色体异常、基因突变或某些遗传缺陷等情况下，胎儿的生殖系统发育会出现问题，从而导致畸形。如Klinefelter综合症、Turner综合症、男性性染色体遗传缺陷疾病等均容易导致婴儿性别不一致和生殖系统发育异常。
外界环境因素也是造成胎儿生殖系统畸形的重要原因之一。这些环境因素包括辐射、毒物、化学品、病毒感染等。例如，母亲妊娠期间接触到的辐射、化学物质等，都有可能对胎儿生殖系统产生影响，导致畸形。
疾病因素和药物因素也是胎儿生殖系统畸形的重要原因。如母体患有某些疾病，如糖尿病、银屑病等，或在妊娠过程中接受某些药物治疗，均可能对胎儿生殖系统产生不利的影响，导致畸形。
总体来说，胎儿生殖系统畸形的发生原因是多种多样的，而遗传因素只是其中之一。因此，在妊娠期间，准妈妈们需要注意饮食起居，避免接触辐射、化学物质等有害物质，同时严格遵照医生的指导，使用药物时需注意其对胎儿生殖系统的可能影响，以减少胎儿生殖系统畸形的发生率。
