首先，任何情况下流产都应该在医生的指导下进行，不应该自行采取任何措施。孕12周胎儿畸形的流产通常有以下几种方式：
1. 药物流产：药物流产是通过给予孕妇药物，使胎儿从子宫中排出。一般在孕早期可行，但胎儿畸形流产不是所有人都适用。
2. 孕妇手术流产：孕妇手术流产是通过介入手术方法使胎儿从子宫中排出。手术过程一般较快，安全性高。
3. 紧急剖腹产：对于一些孕妇，特别是某些畸形比较严重的情况下，可能需要紧急剖腹产，通过手术将胎儿从子宫中取出。
无论采取哪种方式，都需要在医生的指导下进行。需要注意的是，孕妇流产后还需要进行身体恢复和心理治疗。同时，为了避免类似情况再次发生，建议孕妇在日常生活中增强营养，保持良好的心理状态，避免熬夜和剧烈运动，尽可能避免接触有害物质。
