目前并没有科学证据表明太亲近会导致胎儿畸形。但是亲缘关系越近，遗传病的风险就越高，这是由于亲缘关系越近，遗传物质（基因）的相同程度就越高。在人类基因中，有一些异常基因可能会导致婴儿出生时患上某些遗传病。如果两个亲缘关系很近的人生下孩子，这些异常基因有更高的可能性在婴儿身上表现出来。
例如，如果一对近亲结婚并生育孩子，他们的孩子可能会有更高的概率患有两个杂合基因（缺损基因）。这些杂合状态或携带该缺失基因的基因称为隐形遗传病。如果两名携带同一隐性基因表现的人（即两个携带该基因的人）生育孩子，则该孩子患病的可能性为25%。这就是计算现有家族基因环境中的遗传病风险时所参考的“经典”遗传学理论。
此外，其他可能导致胎儿畸形的原因包括：不健康的的生活方式、患病、药物和毒品的过度使用、感染和环境因素等等。
综上，亲缘关系对胎儿畸形产生影响的因素是比较复杂的，无论是亲缘关系多近，都无法绝对需要导致胎儿畸形。但是，由于存在隐性遗传病的潜在风险，因此，如果家族有遗传病的，建议在生育前向遗传专家咨询，并进行基因检测以减少此类风险的发生。
