怀孕三个月的胎儿已经发育了很多，各系统的器官也都开始成型。畸形发生的原因是多种多样的，可能是遗传因素，也可能是外部环境因素的影响。但是，具体畸形的发生率是受多种因素影响的，并不能一概而论。
首先，遗传因素可能是影响胎儿畸形的最重要的因素之一。如果父母中有某些基因突变或遗传基因异常，胎儿易出现某些畸形的风险也会增大。例如，唇裂、腭裂、萎缩性骨关节病等，都与遗传因素相关。
其次，如果孕妇在怀孕期间受到了放射线、有害化学物质或一些病毒感染等因素的影响，对胎儿的发育也会产生不良影响，增加畸形的风险。因此，在孕期中，孕妇应避免接触这些有害物质，保证母体健康，为胎儿营造安全的生长环境。
此外，孕妇的营养状况也会直接影响到胎儿的生长发育状况。如果孕妇缺乏某些必需的营养素，如叶酸、维生素B12等，会导致胎儿神经系统和其他器官不完全发育，也会增加畸形的风险。
总之，对于怀孕三个月的胎儿，如果孕妇能避免各种危害胎儿发育的因素，同时保证自身的身体健康，以及足够的营养供给，那么孕妇生下正常健康的婴儿的可能性就很大。但是，无论如何，孕妇在孕期中还是要定期接受医生的检查，以便及早发现和处理可能存在的问题。
