三个月后胎儿畸形的发生率并不会直接降低。因为胎儿畸形的发生是由多种原因造成的，其中某些原因在孕期的绝大多数时间都可能存在。然而，胎儿畸形的风险会随着时间的推移而发生变化。
首先是在孕早期和孕中期的前三个月时间内，胎儿发育最为迅速，其器官和组织的形成也非常重要。此时因胚胎发育过程中一些基因、环境因素、营养因素等等的影响，导致胎儿畸形性发生的可能性最高，大多数畸形也会在此时形成。如果孕妇在这个阶段不注意饮食、不节制生活方式，可能会引起胎儿畸形甚至流产。
其次是在孕中期之后，虽然胎儿的器官和组织形成完成，但如果孕妇仍然有不良的生活习惯或者暴露在有害物质中，也会增加胎儿畸形的风险。或者如果孕妇患上了某种疾病，未得到及时和合理的治疗，也可能对胎儿健康造成影响。
总之，孕期保健对胎儿的健康至关重要。要注意合理膳食、戒烟戒酒、减少接触有害物质、避免疾病传染等等。同时，孕期产检也非常必要，能够及时发现胎儿的健康问题并进行相应治疗和干预。这样可以减少胎儿畸形的发生，同时也更好地保障孕妇和胎儿的健康。
