三周宝宝消化不良可能会发烧，但不一定。消化不良可能是因为宝宝对某种食物过敏，或者消化系统尚未完全成熟，无法消化某些食物，这可能导致腹泻、呕吐、腹痛、打嗝、便秘等症状。如果消化不良严重，宝宝可能会出现发热的情况。
宝宝在消化不良时，肠道会对周围的组织造成刺激，导致肠道炎症和感染，引起发热。宝宝发热的原因也可能是感染，比如感冒、咳嗽、耳朵感染等等，这些情况都会导致体温升高。
为了确定宝宝是否因消化不良而发烧，需要考虑宝宝是否出现其他症状，如上述的腹泻、呕吐、腹痛等。如果宝宝出现这些情况，建议带宝宝去看医生，以确定宝宝所患的是消化不良还是其他疾病。
在处理宝宝消化不良时，必须要注意饮食、喂食和个人卫生方面。对于还在吃母乳或配方奶粉的宝宝，可以询问医生是否可以给宝宝准备特殊配方奶粉；对于已经开始添加辅食的宝宝，注意观察宝宝对不同食物的反应，逐渐引导宝宝吃各种不同的食物。此外，要保证宝宝处于清洁和卫生的环境中，避免感染。
总之，消化不良是宝宝成长中常见的问题之一，但如果出现严重的症状，如长时间发烧、持续腹泻、呕吐等，建议及时带宝宝去看医生。此外，家长可以通过观察宝宝的反应、避免给宝宝食用不适宜的食物、保持宝宝干净和卫生等方式，帮助宝宝更好地应对消化不良问题。
