新生胎儿畸形的原因有很多，可以分为两类，一类是遗传因素，即由基因突变或染色体异常引起的发育障碍；另一类是环境因素，包括药物、化学、物理性因素以及母体生理状况的影响等。
首先，遗传因素是造成新生胎儿畸形的重要原因之一。基因突变或染色体的异常会导致新生儿的身体部位或组织器官的形态、结构或数量等发生不正常的改变，这些变化可能表现为常见的结构性畸形，例如唇裂、脊椎裂、心脏畸形、神经管畸形等。另外，遗传因素也会影响新生儿的智力、认知、行为等方面的发育，例如自闭症、智力落后等。
其次，环境因素也是导致新生胎儿畸形的主要因素。药物、化学、物理性因素都可以影响胚胎、胎儿的发育，如妊娠期服用某些药物、暴露于环境毒素（如重金属、放射线、化学药剂等）或艾滋病毒、糖尿病、高血压等母体疾病的存在都会增加新生胎儿畸形的风险。
最后，母体生理状况也会对新生胎儿的发育产生重要影响。高龄妊娠、缺乏营养、贫血、慢性疾病等都会造成胚胎、胎儿的营养供应不足，从而影响其正常发育。
总之，新生胎儿畸形是多种因素综合作用的结果。虽然畸形的发生难以完全预防，但是孕妇注意个人卫生、健康饮食、避免暴露于环境中的有害物质等多方面防范措施，可以有效地降低新生胎儿畸形的发生率。
