胎儿发育期分为前期、中期和后期三个阶段，其中发生畸形的可能性最高的是前期和中期。
前期是指受精后的前三个月，胚胎发育的开始阶段。此时，胚胎器官尚未形成，若受到某些不良影响，如遗传因素、母体药物影响、放射线等，则可能导致出现畸形。例如在前期孕妇服用某些药物，如扑热息痛、美托洛尔等，容易导致胎儿口唇裂、心脏畸形等。此外，病毒感染也是前期胎儿畸形发生的常见原因，如德国麻疹、水痘病毒等。
中期是指胚胎发育的第四个月至第六个月，此时器官已经开始逐渐形成和发育。因此，如果在这个时期，胎儿受到不良影响则很可能引起其器官畸形。比如：孕妇饮食不当、吸烟、饮酒或接触重金属、农药等化学物质是中期胎儿畸形的主要原因。在这一时期胚胎的脑部、心脏、肾脏、外生殖器等重要器官的形态已经趋于成熟，因此如果受到母体内部或外部环境的不良影响，就容易出现相应的畸形。
后期是指胚胎发育的第七个月至出生前夕，胎儿主要是在体重和长高方面的快速增长期。此时，胎儿器官已经形成，主要是对神经系统、肌肉和骨骼的发育，因此如果此时出现畸形，多是因为患有遗传性疾病，如唐氏综合症、先天性心脏病等。
总之，胎儿畸形的发生原因很多，有的是自身先天发育异常，有的是受到母体内外不良环境因素的影响。而在胎儿发育的前期和中期，其器官形态尚未成熟，易受影响而导致畸形的发生概率大。因此，孕妈咪在怀孕期间，要注意营养均衡，避免吸烟、饮酒等不良习惯，防止感染病毒及避免接触有害物质，以保证胎儿的健康。
