目前并没有确凿的证据显示咖啡会造成胎儿畸形。但是，饮用咖啡可以引发一些其他的问题，例如提高孕妇患妊娠期高血压症的风险、增加流产的可能性以及导致出生体重较低等。
首先，饮用咖啡会引起孕妇患上妊娠期高血压症的风险增加。这是因为咖啡中含有的咖啡因可以刺激中枢神经系统，导致心率加快、血压升高等反应。如果孕妇长期大量饮用咖啡，就会导致血压升高，从而引起妊娠期高血压症的发生。
其次，饮用咖啡还可能会增加流产的可能性。这是因为咖啡因在孕妇体内的存在可能会干扰胚胎的生长和发育，而胚胎发育异常可能会导致流产的发生。研究还发现，孕妇饮用咖啡的摄入量越高，流产的风险也会越大。
最后，饮用咖啡还可能会导致出生体重较低。这是因为咖啡因可以穿过胎盘，进入胎儿体内，从而影响胎儿生长和发育。研究显示，咖啡因的摄入量越高，胎儿的出生体重就越小。
虽然目前没有直接证据证明饮用咖啡会引起胎儿畸形，但上述的风险也不容小觑。因此，建议孕妇在怀孕期间要适度饮用咖啡，最好控制在每天1-2杯以内，并且要注意饮用时间，最好不要在晚上喝咖啡，以免影响睡眠和健康。此外，孕妇在饮用其他含咖啡因的饮料和食物时，也要注意适量。
