查胎儿畸形的费用取决于不同的因素，包括医院、科室、医生、所用的设备及检查方法等。不过一般来说，查胎儿畸形的费用并不低，多数需要数千甚至上万元。
一般而言，目前查胎儿畸形最常用的方法是超声检查。这种检查在医院中比较常见，用于检查及观察胎儿生长和发育情况，并且通过不同的探头可以检查不同部位的器官和组织结构。不同的地区，不同的医院，超声检查的费用可能会有所不同，有些医院提供的套餐服务包含了多次检查及相关的检查报告费用，这会比单次检查更加优惠。
除了超声检查，还有其他检查方式，例如羊水穿刺等，费用相对较高。另外，如果发现出现问题需要进一步诊断，如需要进行核磁共振（MRI）等高级检查，费用则会更加昂贵。
总之，查胎儿畸形的费用随着检查方法、设备、医院等的不同而有所差异。建议准妈妈在医院进行检查之前先了解清楚相关的费用和医院的套餐服务，以及是否有医保报销等政策，做好心理准备。同时，也可以在选择医院之前了解医院的口碑和医生的专业水平，选择有信誉和实力的医院进行检查。
