在目前医学技术水平下，三个月内能查出胎儿畸形是可能的。这主要依赖于现代医学的检查手段。
羊水穿刺检查是目前最为常见的方法。这项检查可以确定胎儿是否有遗传疾病或染色体异常等问题。羊水穿刺检查是在孕期16到20周之间进行的，一般会在腹部注射麻醉剂之后，通过导针将羊水抽取出来进行检查。这项检查具有高度准确性，可以检测到99%的染色体异常和其他问题。
另外，超声波检查也是一种有效的手段来检测胎儿是否有异常。这项检查可以通过对孕妇腹部进行超声波探测，来观察胎儿是否发育正常。此外，还可以使用三维超声技术来对胎儿进行更加详细的检查。
最后，基因检测技术也可以检测出某些遗传疾病。这项技术可以通过孕妇的血液样本来分析胎儿的基因情况，从而确定胎儿是否有某些基因问题。
总体来说，通过现代医学的检查手段，三个月内能够查出胎儿的畸形，这对于孕期的管理和胎儿的健康非常重要。但需要注意的是，这些检查方法也有一定的风险和局限性，因此必须在医生的指导下进行。
