人类发育的早期，受外在因素的影响较大。胚胎在早期发育中，需要受到母体内环境的调节和影响，而胎儿肾畸形的出现，与多种原因有关。
首先，染色体异常是胎儿肾畸形的重要原因之一。在胚胎形成过程中，由于染色体畸变所致的胎儿先天性合并症异常很常见，染色体异常可分为染色体数目畸变和结构变异两类。而胎儿肾畸形与其关系密切，如Trisomy 18(第18号染色体三倍体)、Turner综合征等出现的肾脏异常。此外，多囊肾、肾盂积水也与染色体异常有关。
其次，药物使用也可能是导致胎儿肾畸形的原因之一。母体在妊娠期间服用某些药物会对胎儿发育造成影响。如某些抗生素、抗病毒药物和抗癫痫药物都可以引发胎儿肾畸形。此外，母体患有某些疾病，需要使用药物治疗，也可能会对胎儿肾脏造成不良影响。
第三，母体疾病也是导致胎儿肾畸形的原因之一。如糖尿病、高血压、甲状腺功能异常等母体疾病，都可能影响胎儿肾脏的发育，甚至出现肾畸形。此外，妊娠期间患有感染性疾病，特别是德国麻疹和单纯疱疹病毒感染，也可能导致肾畸形。
最后，遗传因素也是导致胎儿肾畸形的原因之一。如果父母亲因同源性等原因患有肾脏畸形，子女也就有可能继承这种遗传性疾病。如Polycystic kidney disease（多囊肾）、Alport syndrome（奥尔波特综合症）等。除此之外，还有一类称之为无记忆脉络丛肾囊肿等的单基因遗传性疾病，在生殖中也可能出现。
综上所述，胎儿肾畸形的原因很复杂，涉及到多种因素，包括染色体异常、药物使用、母体疾病和遗传因素等。在妊娠期间，应该尽量减少外在因素的影响，定期做产前检查和超声检查，及时发现和干预肾畸形，以保证胎儿的健康。
