胚胎不孕是指夫妻在正常的生育年龄内，已经进行了一定时间的性生活，但并未怀孕。胚胎不孕是一种常见的生殖障碍，可以由许多因素造成，如女性的卵巢功能异常、男性的精子质量问题、子宫内膜异常、输卵管堵塞等因素。但是，胚胎不孕是否会导致胎儿畸形的问题，需要做出区分。
首先，胚胎不孕本身不会导致胎儿畸形。胚胎不孕指的是没有成功的受精卵形成胚胎并嵌入到子宫内膜上，也就是说并没有形成胎儿。因此，胚胎不孕本身不会导致胎儿发育畸形。
其次，一些原因导致的胚胎不孕可能会增加胎儿发育畸形的风险。例如，对于女性而言，如果长期使用避孕药或处于高龄怀孕状态，这些因素会增加先天性心脏病之类的胎儿畸形风险。对于男性而言，不良的生活习惯，如吸烟、饮酒等因素还能增加胎儿畸形的风险。这意味着，一些原与胚胎不孕无关的因素会增加胎儿畸形的风险。
最后，不孕症治疗过程中的一些药物和辅助技术可能会影响胎儿健康。例如，辅助生殖技术中的试管婴儿增加畸形风险；而使用促排卵药等的药物治疗可能对胎儿产生影响。
总的来说，胚胎不孕本身并不会导致胎儿畸形，但一些因素可能会影响胎儿发育的健康。因此，治疗胚胎不孕的过程中需要注意选择合适的治疗方法，同时注意个人生活习惯的调整，以最大限度地减小对胎儿的影响。
