胎儿畸形的形成时间会因为畸形的种类不同而有所变化，一般来说，畸形的形成可以分为三个时期。
第一时期：胚胎时期
胚胎时期是胎儿最初的时期，从受精卵形成开始，到第8周结束。在这个时期中，大量的细胞在分裂和分化，形成了各种组织，并开始形成各种器官。如果在这个时期发生某种问题，很可能会影响到胚胎正常的器官发育，导致畸形的出现。一些例子包括：先天性心脏病、唇裂、腭裂等。
第二时期：胚胎转为胎儿时期
从第9周开始，胚胎转为胎儿，此时，各个器官也开始不断成长和进化。这一阶段的畸形可能因为基因突变、染色体畸变和胎儿受到环境污染而产生。这些畸形包括四肢不发达、脑部畸形、肌肉不发达、耳聋等。
第三时期：胎儿生长发育期
这个阶段从怀孕期第13周到出生之前的任何时间都可能会出现畸形。胎儿在这个阶段从大量长胎期器官开始进化到成熟期。受孕早期出现的过程中未检测出来的问题有可能在此前通过光学等诊断手段进行检测。而常常表现为宝宝体重过轻、新生儿听觉异常等。
除了这些基本时期，其他的时期也可以造成细微或者明显的畸形，例如孕期母亲滥用药物或者暴露于较大的剂量的辐射。畸形往往是一个极为复杂的问题，很多时间因为无法找到一个明显的原因而不断影响着孕妇和胎儿的生活。因此，孕妇在孕期需要注意身体健康和稳定的生活状态，在简单的基本保健工作基础上，选择正规的健康医生进行检查，早筛出潜在的问题，对保障孩子的生命和健康非常有利。
