初期的胚胎性别确定，源于生殖细胞的染色体组成，即由父母所遗传的染色体决定。在人类体内，男性和女性个体所持有的性染色体是不同的，女性性染色体组成为XX，而男性则为XY。当生殖细胞在受精时，男性精子可以携带X或Y染色体，而女性卵子仅携带X染色体。如果Y染色体的精子与卵子结合，则生出的胎儿为男性，否则便为女性。
至于三个月胎儿是否知道自己的性别，目前尚未有任何科学研究证明，能够证明胎儿是否有能力意识到自己的性别。在胎儿发育的三个月中，其性别已经能够通过超声波检查而明确。在医生的专业帮助下，通过胎儿的腹部和生殖器官的成分和组织来检测胎儿的性别。
然而，胎儿还处于大脑和神经系统的初期发展阶段，尚不能像成年人一样，拥有意识和意识认知能力，长期的医学实验也无法准确证实胎儿知道自己的性别。因此，我们无法得知三个月胎儿是否能够知道自己的性别。
总之，胎儿的性别来源于生殖细胞的染色体组成，在怀孕3个月时，胎儿的性别已经能够通过超声波确定，但无法确定胎儿是否知道自己的性别，因为目前尚未有相关科学研究进行探究。
