三个月胎儿的畸形是指在胚胎发育的过程中，由于基因突变、环境因素等原因，导致胎儿各种器官和组织结构的发育异常。如果胎儿畸形被发现得早，及时治疗和干预，就有很大的可能性能够改善和纠正胎儿畸形，但是如果错过了治疗的最佳时机，后期胎儿畸形是否会好就存在很大的不确定性。
一般来说，三个月的胎儿，在医学上被称为“胎盘期”，胎儿的各项器官和组织已经逐渐成形，包括心脏、肝脏、肾脏、骨骼等等，但是它们还没有完全发育成熟。如果在这个时候发现胎儿畸形，需要进行原因诊断和个体化治疗。如果是染色体异常或者基因突变引起的畸形，有一些现代分子生物学技术可以对症治疗或者进行基因修复。但是，对于一些器官的结构和发育异常，可能需要采用手术干预、药物干预等方法，以期最大限度地减轻胎儿的畸形程度。
否则，如果不进行及时治疗，由于胎儿在后期组织和器官的发育趋于稳定。如果胎儿畸形严重，可能会导致胎儿终止妊娠或者难以存活。当然，也有个别情况，胎儿在出生后能够存活，但是其生活质量和日常生活将受到严重影响，需要接受长期治疗。
综上所述，三个月胎儿畸形后期能否好，要看具体的疾病情况和治疗时机。建议，孕妇应该每个月进行检测，如果发现胎儿畸形，应该立即向专业医师咨询，及时进行治疗干预。同时，孕妇应该注意自身身体健康，减轻不良生活习惯对胎儿的不良影响，为早期发现和治疗畸形打下基础。
