怀孕三个月同房不会导致胎儿畸形，至少从生物学角度来看是没有直接的因果关系的。然而，同房期间如果发生了一些影响胎儿健康的事情，仍然可能会导致胎儿畸形。
首先，孕妇在怀孕前期需要尽量避免接触一些有害物质，如有毒的化学品、放射性物质和病毒等，这些可能会直接影响到胎儿的发育，引起各种畸形和病变。同房期间，如果某些有害物质进入孕妇体内，也可能会对胎儿造成影响。
其次，孕妇在怀孕期间需要保持一个健康的生活方式，包括饮食、运动和休息等。过度或不足的锻炼、饮食不健康或过度劳累等都可能对胎儿产生不利影响。同房期间，如果孕妇身体状况不佳，也可能会对胎儿产生负面影响。
最后，还有一种情况是，如果孕妇和丈夫存在某些遗传疾病，这些疾病也可能会传递给胎儿，导致胎儿畸形。同房期间，如果这些疾病具有传染性或容易引起病变，也可能会对胎儿产生影响。
综上所述，怀孕三个月同房不会直接导致胎儿畸形，但同房期间如果发生了一些影响胎儿健康的事情，仍然可能对胎儿造成不利影响。因此，在孕期尤其是前三个月，孕妇需要尽可能避免接触有害物质，保持健康的生活方式，避免遗传疾病的传播，以保证胎儿得到健康的发育。
