胎儿四肢畸形可以是先天性的，也可以是在胎儿发育过程中的后天因素造成的。先天性四肢畸形包括先天性遗传性畸形和非遗传性畸形。非遗传性畸形的原因可能是由于外在环境的因素，例如妈妈在妊娠期间使用药物、接触有害物质、遭受感染等。先天性遗传性畸形则常常是由于基因突变所引起的。
四肢畸形的发生通常是由于一些基因突变，导致四肢部位缺失、增生、变形、错位等情况。此外，孕妇在妊娠期间染上病菌，如德国麻疹、水痘、流感等，胚胎异常细胞增生也可能导致四肢畸形。另外，母亲在怀孕期间暴露在辐射、放射性物质、化学物质和有毒物质等环境中，也会导致胎儿四肢畸形等缺陷形成。
除了这些原因之外，四肢畸形还可能是多种因素综合作用的结果。例如，一项研究表明，胎儿在父母亲中至少一方饮用含咖啡因或酒精的饮料后，其患上四肢畸形的可能性会增加。
因四肢畸形的原因很多，每个患儿的病因都可能不同。而这往往有赖于对原因的了解，并且在出现的早期症状时及时就医。
