在怀孕早期，胎儿的器官系统尚未完全成熟，因此存在发生畸形的风险。在怀孕40天时，可以通过一系列检查来排除或确诊胎儿畸形，包括以下几个方面：
1. 超声检查：超声检查是最常用的产前筛查方式之一，可以观察胎儿的生长发育情况、大小、形态等，以及身体各项器官是否正常。怀孕40天时进行超声检查，可以预测出较多的先天性畸形，如唇裂、腭裂、心脏畸形、脑部畸形等。
2. 羊水穿刺：羊水穿刺是一种取出羊水进行检查的方法，能够检测出染色体异常、遗传性疾病等问题。但羊水穿刺风险较大，可能引起感染、子宫收缩、羊水漏出等问题。
3. 绒毛活组织检查：一般在怀孕6-10周进行，通过从胎盘中取出足球大小的组织样本来检测胎儿染色体异常和其他遗传疾病。
4. 新生儿筛查：出生后进行新生儿筛查，包括听力筛查、代谢性疾病筛查等，可以及时诊断和治疗对发育影响较大的病魔。
总之，在怀孕早期避免患些先天性疾病比较重要，因此建议孕妇在孕期定期体检，及时发现问题并采取相应措施。
