孕早期能否查出胎儿畸形，需要分情况而定。一般来说，孕早期可能无法检测出某些类型的胎儿畸形，但是对于一些较明显的畸形，可以在孕早期进行筛查和诊断。
孕早期可以进行的胎儿畸形筛查包括超声波检查、羊水穿刺、绒毛膜取样等。其中，超声波检查是一种非侵入性的检查方式，可以描绘胎儿的外形及发育情况，可以检测出一些明显的畸形，如脑积水、心脏缺陷、腭裂等。羊水穿刺和绒毛膜取样是一种侵入性的检查方式，可以获取胎儿的遗传信息，进行染色体畸形及常染色体遗传病等的检测。
然而，由于孕早期胎儿发育尚未完成，一些轻微的畸形可能还无法被检测出来。另外，羊水穿刺和绒毛膜取样等侵入性检查方式也会对孕期造成一定的危险性，如可能引发流产、感染等风险。
因此，建议孕妇在孕早期定期进行超声波检查，及时发现一些比较明显的畸形，同时要通过医生的指导，合理选择是否进行侵入性的检查方式，在保障孕妇和胎儿安全的前提下，早期发现胎儿畸形，才能更好地进行干预和治疗。
