孕检可以帮助医生和孕妇及时了解胎儿的生长和发育情况，以及排除一些常见的孕期并发症，但它并不能完全确保查出所有的胎儿畸形。以下是几个原因：
1. 畸形种类繁多，检查方法不一样。胎儿畸形种类有很多，例如心脏病、脊柱裂、唇裂、智力障碍等等，每种畸形都有自己特殊的检测方法。孕妇在孕检过程中，医生只能按照预定的检查项目进行检测，如果孕妇的胎儿畸形类型不在检测范围中，那么就很难查出胎儿畸形。
2. 检查数据有局限性，存在误差。孕检通常包括超声检查、血液检查、羊水穿刺等多个指标，但是每项指标的检测结果都存在误差。而且，即使是同一项检查出现异常结果，也不一定意味着胎儿畸形，这需要医生进一步评估。
3. 有部分畸形无法在孕期检查出来。有些胎儿畸形在孕期并不明显，必须要等到出生后，才能够被发现。比如一些隐性遗传疾病、先天性代谢性疾病等，可能需要在出生后进行新生儿筛查才能确定。
当然，不能因为孕检不能完全确定是否有胎儿畸形而放弃孕检。孕检仍然可以及时检测到许多疾病，以避免造成不良影响。如果孕妇怀疑自己的胎儿有可能出现畸形，应在医生的指导下接受更全面的检查和评估。
