胎儿的性别差异形成过程始于受精卵形成时的性染色体决定性。在受精卵形成的过程中，卵子和精子的染色体结合后，决定胎儿性别的染色体便得以确定。男性为XY，女性为XX。由于男性只有一个X染色体，这使得男性患有X-linked的遗传疾病的可能性更高。
在胚胎发育的过程中，性腺的形成和分化是决定性别的第二个阶段。在胎儿六周左右，性腺开始分化形成，这个阶段所有的胚胎性别都是相同的，性腺和生殖细胞的前身在外生殖器周围区域形成。七周左右，性腺会开始发育成为睾丸或卵巢，这是性别决定的最后阶段。如果性腺发育为睾丸，则该胎儿就是男性，如果是卵巢，那么该胎儿就是女性。
此外，胚胎内的睪丸素和雌激素，也是决定性别差异的一个重要因素。在分化成为睾丸后，睾丸会开始分泌睪丸素，促进外生殖器的发育，这也是男性外生殖器和内生殖系统发育的原因之一。与此相对应，卵巢的分泌物为雌激素，促进女性的发育。
总的来说，胎儿性别差异的形成和决定是一个非常复杂的过程，涉及到多种遗传和生理因素的相互作用，而且也不完全与生俱来，环境因素也会对某些特征有影响。因此，在这个过程中，还有很多待探索的问题。
