胎儿畸形并不影响男女判定，因为男女性别在受孕时就已经决定了，并且是由父亲的精子所决定。而胎儿畸形是由染色体异常、基因突变或其他因素引发的，与性别没有直接关系。
男女的判定最早可在怀孕12周左右进行，这时可以进行无创产前基因检测（NIPT）来检测胎儿的性别。NIPT主要是通过抽取孕妇血液中的胎儿DNA进行基因分析，准确率可达99%以上。这项检测也可以同时检测到可能的染色体异常，如唐氏综合症等。
除了NIPT，还可以通过B超检查胎儿的性别。通常在怀孕16-20周进行的常规B超检查可以明确胎儿的性别。但是B超检查虽然具有相对较高的准确率，但其结果也存在误差。
在怀孕早期可以通过亲戚或医生的猜测来猜测胎儿的性别，如据说孕妇脸上长斑点表示是要生男孩，脸上没变化则是要生女孩; 或者根据孕妇的孕期体重等因素来猜测。但这些猜测都不能作为准确的性别判定。
总之，胎儿畸形与男女性别并没有直接关系，而怀孕期间的性别判定需要依靠专业的产前检查。
