胎儿形成畸形的原因是极为复杂的，主要包括基因突变、遗传疾病、环境因素、母体疾病等多种原因。下面从这些方面分别探讨。
1.基因突变
人类基因含有数十万到数百万个基础对，其中极少数易发生突变，假如这些突变出现于胚胎早期，可能导致后期器官发育不正常形成畸形。如唇腭裂等畸形就与基因突变相关。
2.遗传疾病
遗传疾病是由于某些致畸因素引起基因突变，或因染色体畸变变异而导致的一类疾病。常见的有唐氏综合症、PKU、地中海贫血等，这些疾病不仅周期性发生，而且遗传模式不同，有的是单基因隐性遗传，有的是染色体遗传等。遗传疾病不同于其他的遗传异质性疾病，它很难消失，因为疾病的基因往往在下一代继续出现，同时其易感性较强，所以引起畸形的风险也比较高。
3.环境因素
胎儿在母体内会受到各种化学物质、放射线等环境因素的影响，其中包括细菌、病毒、药物、有害化学物质等。这些因素会干扰胚胎细胞增殖分化、造成DNA、RNA和蛋白质代谢的能力降低，从而引起胎儿畸形。如母亲怀孕期间接触苯酚、铅等物质，不能及时对其进行治疗，就会影响胚胎发育导致畸形。
4.母体疾病
母体在怀孕期间，如果出现疾病，也会影响到胎儿的健康。如巨胎症，羊水过多，先天性心脏病等，都是母体疾病引起的畸形，需要及时治疗。同时，孕期母体营养不良、缺乏必需营养素和蛋白质，也会导致胎儿的发育受阻，甚至导致畸形。
总之，胎儿形成畸形的原因是多种多样的，既有基因、遗传的因素，也存在环境、母体等多方面因素，因此想保证胎儿的健康，需要减少上述因素的干扰，及时接受检查、治疗和预防。
