三个月宝宝身高矮并不是一个明确的问题，因为宝宝的身高会受到遗传等多种因素的影响，而且在宝宝三个月大的时候，大部分的婴儿还处于生长发育的阶段中，这个时候进行补钙并不能够改变宝宝的身高问题。
然而，适当的补充钙质对于宝宝的生长发育非常重要。在这个年龄段，如果宝宝缺乏足够的钙质，就可能会影响到宝宝的骨骼生长，并导致佝偻病等营养缺乏相关疾病的发生。因此，在宝宝出生后的一段时间内，母乳或配方奶是为宝宝提供足够钙质的主要来源。
如果医生在检查中发现宝宝缺钙，他们可能会建议补充钙剂，但是每家宝宝的情况都有所不同，如果母乳或配方奶已经提供足够的钙质，就不需要额外补充钙剂，过多的钙质摄入还可能会对宝宝身体造成不好的影响。
在日常生活中，家长应该注意给宝宝提供足够的维生素D，这是促进钙的吸收和利用的重要营养素。通常情况下，母乳中含有足够的维生素D，但如果是人工喂养宝宝，则需要额外使用添加有维生素D的奶粉。
总之，宝宝三个月大的时候进行补钙并不能够改变宝宝的身高问题，但是适当的补充钙质对于宝宝的生长发育非常重要。家长应该注意给宝宝提供足够的维生素D，以促进钙的吸收和利用。如果您对宝宝是否需要额外补钙有任何疑虑，请咨询医生或护士的建议。
