胎儿大脑畸形率比较低的主要原因是受到了多种保护作用。这些保护作用来自于多方面，包括遗传、胚胎发育过程中的一系列生理过程以及孕妇的饮食和生活习惯等。
首先，大脑细胞的分裂和发育程度是由基因调控的，基因的突变会导致胎儿大脑发育的异常。然而，这种突变比较罕见。此外，大多数畸形的主要原因往往是多种因素共同作用的结果，而不是由某个单一的原因引起的。
其次，在胚胎发育的过程中，胚胎细胞逐渐分化为各种器官细胞。大脑与神经系统的发育是复杂而精细的过程，包括细胞分化、迁移、形态发生、成熟和连接等多个阶段。在这个过程中，胚胎细胞需要遵循一定的规律，按照一定的空间和时间序列执行。如果发育受到了干扰，就会导致大脑畸形。然而，幸运的是，人体具备一种自我修复和选择机制，能够在早期捕获并去除有缺陷的胚胎，从而降低大脑畸形率。
最后，孕妇的健康状况和生活习惯也会对胎儿大脑的发育有关键影响。母亲的营养状况不良、饮食过度、慢性疾病、应激等因素都可能导致胎儿大脑畸形。因此，在孕期，孕妇应该合理饮食，远离有害的生活因素，及时治疗患有药物不良反应和疾病的情况。
综上所述，在很大程度上，胎儿大脑畸形率被多重保护机制所降低，这需要基因的稳定性、细胞分化的严谨性、母体的健康状况和生活习惯等因素共同作用。
