13周妊娠时进行胎儿畸形检查是可以的，但是准确性可能有限。在13周的时候，胎儿的器官和结构还没有完全形成，因此有些畸形可能还无法被检测出来。
目前，常用的13周胎儿畸形检查方法是通过母体血样测定危险基因，特别是唐氏综合征等常见染色体异常。这种检测方法准确性很高，不会对胎儿造成伤害，但不足之处是只能检测染色体异常，而不能发现其他先天性畸形。
此外，还有13周的早期超声检查方法，可以检测出某些胎儿畸形。早期超声检查技术已经非常先进，可以清晰地观察到胎儿的心脏、肾脏、四肢等器官和结构，有些先天性畸形也能被发现。
但是需要注意的是，13周早期超声检查虽然可以检测出某些畸形，但其准确性和可靠性都比较有限，有时要进行第二次或第三次的检查才能得到确定的结果。
综上所述，13周进行胎儿畸形检查是可以的，但需要注意目前的检测方法的限制和局限性。如果需要更准确的结果，建议在孕后期再进行检查。
