小孕囊胎儿是指胚胎发育异常停滞，只发育到囊胚阶段的胚胎。这种情况是一种早期流产的原因，而且具有一定的遗传学因素，其畸形与否与孕早期的母体代谢状况、有害因素的影响、遗传突变等都有密切的关系。
关于小孕囊胎儿是否会畸形，这是一个比较敏感的问题。一般来说，这种胎儿并不会有畸形，因为小孕囊胎儿在胚胎阶段还没有形成各个器官和组织，所以即使存在某些遗传危险因素，也不会立即导致畸形。因此，小孕囊胎儿畸形并不常见，但也并非绝对不会发生。
只有当小孕囊胎儿成为一个完整的胚胎并开始分化时，遗传突变可能会导致某些器官和组织的异常增生或缺失，从而导致畸形。但这种情况相对较少，只有一小部分小孕囊胎儿发展到这种程度。
总之，虽然小孕囊胎儿畸形的可能性很小，但在妊娠早期出现这种情况仍然需要及时处理，因为它也可能会对孕妇的身体健康造成不良影响。如果出现了小孕囊胎儿的症状，应尽早去医院做进一步检查和治疗。
