目前的医学技术还没有能够直接治疗胎儿畸形的药。对于胎儿畸形的治疗主要靠手术或其他治疗手段，比如输液、氧气等。然而，预防胎儿畸形的最佳办法是提高孕妇的健康水平和妊娠期的健康护理，预防孕期疾病，保持良好的生活习惯，适当锻炼和充足休息，同时，注意防止一些有害物质的危害，如酒精、尼古丁和有害药物等，对于存在高风险的孕妇应进行早期产前筛查，及时发现问题，以便及早施治。同时，经过现代遗传学的研究，人们已经辨识了一些常见遗传病的基因，建立了遗传咨询和筛查体系，为孕前遗传咨询、产前诊断和高风险家庭的遗传风险预测等提供依据，使人们的遗传医学研究和预防胎儿畸形的工作迈上一个新的台阶。
