怀孕三次胎儿畸形，建议首先咨询产科医生。产科医生在孕前初步诊断胎儿是否存在畸形风险，孕期定期跟踪孕妇和胎儿健康情况，并在分娩时进行及时的干预和处理。但如果孕妇已经怀孕三次均出现胎儿畸形，建议进一步咨询遗传病科或生殖医学科医生。
遗传病科医生能够根据孕妇和配偶家族史、胎儿畸形情况、翻译本身的基因检测等，进行遗传咨询和相关检查，确定胎儿是否存在遗传疾病风险。如果发现某种遗传病有可能在胎儿身上遗传，遗传病科医生可以为孕妇制定合理的孕期管理方案，并在产前采取相关措施减少畸形风险。
生殖医学科医生能够通过人工授精、试管婴儿等技术手段，避免遗传病的传播，并避免胎儿畸形的发生。在孕前，生殖医学科医生还能够为夫妇进行遗传咨询和筛查，包括基因检测、胚胎植入前遗传诊断等，帮助他们选择合适的生育方式和方案，避免遗传病和胎儿畸形的发生。
总之，怀孕三次胎儿畸形需要咨询的科室包括产科、遗传病科和生殖医学科等。不同科室擅长的领域不同，各自能够提供不同的治疗和咨询方案，建议孕妇根据自身情况选择合适的科室咨询。同时，孕妇应该保持积极乐观的心态，遵循医生的建议，加强孕期管理，提高胎儿健康的几率。
